El Banco de Datos Forenses de Migrantes No Localizados de Honduras busca constantemente crear acuerdos estratégicos para facilitar la comparación de los casos de migrantes no localizados del Banco Forense con restos sin identificar encontrados a lo largo de la ruta migratoria. De esta manera, el Banco Forense ha establecido convenios de trabajo con morgues, servicios forenses y universidades claves. Se presentan algunos de los convenios y acuerdos que se han establecido a través del Banco Forense y del Proyecto Frontera para mejorar la búsqueda:
2010: Morgue del Condado de Pima, Arizona.
2011: acuerdos en casos individuales con diversas morgues e instituciones en EEUU (Texas, California, Florida y Nueva York) y México.
2012: Procuraduría General de Justicia del Estado de Chiapas para exhumaciones en Tapachula, en la frontera México-Guatemala.
2013: Coalición Forense de la Frontera (Forensic Border Coalition, FBC): la misión de la FBC es apoyar a las familias de migrantes desaparecidos en su búsqueda y atender los problemas relacionados con la identificación de restos encontrados cerca de la frontera México-Estados Unidos. La FBC está conformada por: el EAAF, el Centro Colibrí de Derechos Humanos (Colibri Center for Human Rights), el Centro de Antropología Forense de la Universidad del Estado de Texas en San Marcos (Forensic Anthropology Center Texas State, FACTS) y el Departamento de Geografía (Texas State University Dept. of Geography), el Colectivo de Derechos de los Migrantes de Houston (Houston Migrant Rights Collective), y el Centro de Derechos Humanos del Sur de Texas (South Texas Human Rights Center).
2013: Procuraduría General de la República de México (actual, FGR) para la creación de la “Comisión Forense”. Este convenio permite la revisión de casi 200 restos no identificados de tres masacres en México, así como la revisión de identificaciones realizadas previamente a la creación de la Comisión Forense.
2014: firma de adenda al Convenio de Colaboración de Comisión Forense con las PGJE de Tamaulipas y Nuevo León.
2016: Acuerdo cruce de información con la Fiscalía General del Estado de Coahuila, México.
2016: Creación del Banco de Datos Forenses de Migrantes Desaparecidos de Oaxaca, que permite la búsqueda de MNLs hondureños que puedan encontrarse en el estado.
2016: Mecanismo de Apoyo Exterior Mexicano de Búsqueda e Investigación de la Procuraduría General de la República (actual FGR) de México.
2018: Mesa de trabajo con la Procuraduría General de Justicia de Tamaulipas.